山東酒曲是一種天然的糖化發酵劑，釀酒必須要制曲，制曲實際上是擴大培養釀酒微生物的過程，其中的主要成分主要是各種微生物和酶類的存在，那么山東酒曲中含有的主要微生物是什么？
山東酒曲中含有豐富的微生物，主要的微生物是酵母菌和霉菌，其中霉菌有曲霉菌、根霉菌、毛霉菌等有益菌種，同時酒曲還含有豐富的培養基成分，是提供釀酒用各種酶的載體。

山東酒曲大致分為大曲、小曲、曲餅、紅曲、麩曲五類。大曲中含有的微生物品種豐富，除含有促進生產的主力酵母菌及霉菌以外，還含有大量的能夠產生微量香氣成分的細菌等微生物，所以大曲釀制的酒濃香醇厚，回味悠長。

山東酒曲中的小曲是以根霉菌、酵母菌為主，經歷代人工馴化，接近純種；曲餅居于大小曲之間，是人工接種菌種，以根霉菌及酵母菌為主；以釀制黃酒為主的紅曲則是在米上培養的紅曲霉菌。

并不是山東酒曲中所有的微生物都有利于釀酒生產，酒曲中既有有益菌也有有害菌，它們互相牽制、互相作用，從而控制整個白酒發酵過程。

山東酒曲中含有的主要微生物是酵母菌和霉菌，但并不是只含有這兩者菌類，各種菌類互相牽制、互相作用。